Nell'anno in cui venne istituito il Liceo, l'Università di Firenze non era ancora propriamente strutturata. Esisteva però il Gabinetto di Scienze Naturali, nel quale si sono susseguiti nomi illustrissimi della storia delle Scienze Naturali, come Igino Cocchi e Carlo de Stefani. Una parte delle collezioni originali dell'oggi Museo di Storia Naturale dell'Università di Firenze furono donate al Liceo per arricchire le lezioni che ivi si tenevano, come Geologia e Mineralogia, nonché Anatomia Comparata. Le collezioni paleontologiche vantano una ricchissima collezione di invertebrati fossili, e una vasta gamma di calchi di vertebrati pleistocenici proveniente in gran parte dal Valdarno Superiore. In questo sito gli studenti hanno curato proprio quest'ultimi in tutti i loro aspetti. Gli originali sono attualmente esposti al Museo di Geologia e Paleontologia di Firenze, in Via La Pira 4, e fanno parte proprio delle collezioni storiche del Museo.